Да, если при расчете НДФЛ от продажи квартиры учитываются расходы на ее покупку, в состав таких расходов можно включить маткапитал.

Например, квартиру купили за 2 миллиона рублей. Из них 450 000 рублей оплатили маткапиталом. Это не деньги из семейного бюджета, а господдержка. Но их все равно можно учитывать в составе расходов. Если эту квартиру продать за 2,3 млн рублей, налоговая база составит: 2 300 000 рублей - 2 000 000 рублей = 300 000 рублей. НДФЛ с этой суммы: 300 000 рублей × 13% = 39 000 рублей.

Каждый член семьи учитывает в расходах часть маткапитала пропорционально своей доле в жилье.

Для имущественного вычета при покупке квартиры другая ситуация. В данном случае средства маткапитала в расходах не учитываются и вернуть НДФЛ с такой суммы нельзя.